残業45時間を超えるとどうなる？2026年9月1日の運用変更と企業が押さえるべきポイント

本記事では、残業45時間ルールの基本から、残業超過によるリスク、2026年9月1日の変更内容、企業が取り組むべき対策まで詳しく解説します。

この記事でわかること

• ・残業45時間ルールの基本と、45時間を超えた場合の企業リスク
• ・2026年9月1日の運用変更と、健康・福祉確保措置で求められる対応
• ・長時間労働を防止するための勤怠管理やPC自動シャットダウンの活用方法

労働基準法では、法定労働時間である1日8時間・週40時間を超えて従業員を働かせる場合、企業は労使間で36協定（時間外・休日労働に関する協定）を締結する必要があります。

36協定を締結した場合でも、時間外労働には上限が設けられており、原則として月45時間、年間360時間以内とされています。
この「月45時間」という数字は、単なる管理目標ではありません。長時間労働による健康障害の発生を防ぎ、従業員が安全に働ける環境を維持するための重要な基準として位置付けられています。

ただし、繁忙期などへの対応を目的として特別条項付き36協定を締結している場合には、一時的に45時間を超えることも可能です。しかし、その場合でも企業には従業員の健康を守る責任があります。

なお、時間外労働の上限規制については、厚生労働省が「原則として月45時間・年360時間以内」と定めており、臨時的な特別の事情がある場合でも上限が設けられています。制度の詳細については厚生労働省の資料も併せて確認しておくとよいでしょう。

参照元：厚生労働省「時間外労働の上限規制」

残業45時間を超えたからといって、直ちに法律違反になるわけではありません。
しかし、時間外労働が慢性化すると、従業員の健康面だけでなく企業活動にもさまざまな影響が生じる可能性があります。
特に注意したいのが、健康リスクの増加、生産性の低下、労務トラブルの発生です。
そのため、企業は単に残業時間を集計するだけでなく、長時間労働そのものを抑制するための取り組みが求められます。

厚生労働省の指針では、時間外労働が月45時間を超えて長くなるほど、脳・心臓疾患の発症との関連性が徐々に強まるとされています。そのため、月45時間という基準は単なる管理目標ではなく、労働者の健康を守るための重要な目安と考えられています。

参照元：厚生労働省「36協定で定める時間外労働及び休日労働について留意すべき事項に関する指針」

残業45時間を超えた場合でも、直ちに違法になるわけではありません。
特別条項付き36協定を締結している場合には、一時的に45時間を超える時間外労働が認められています。
ただし、特別条項付き36協定がある場合でも、年720時間以内、単月100時間未満、複数月平均80時間以内（休日労働を含む）などの上限規制があります。

残業時間が増えると、最も深刻な影響を受けるのは従業員の健康です。
長時間労働が続くと疲労が蓄積し、集中力の低下や判断ミスの増加につながります。また、十分な休息時間を確保できなくなることで、睡眠不足や慢性的なストレスを抱えるケースも少なくありません。

さらに、長期間にわたる過重労働は心身の不調を招く要因となります。
企業にとっても、従業員の健康問題は欠勤や休職、生産性低下につながるため、決して個人の問題ではありません。

長時間労働は仕事以外の時間を圧迫します。
家族との時間、趣味や自己研鑽の時間、十分な休養時間が削られることで、ワークライフバランスが崩れやすくなります。
特に育児や介護を担う従業員にとっては大きな負担となり、離職の原因になることもあります。

近年は求職者も働き方を重視する傾向が強くなっており、長時間労働が常態化している企業は採用面でも不利になる可能性があります。

長時間労働は企業経営にも大きな影響を与えます。
疲労の蓄積によって業務効率が低下すると、残業をしているにもかかわらず成果が上がらない状態に陥ることがあります。

また、勤怠管理が不十分な場合には、

• ・残業45時間ルールの基本と、45時間を超えた場合の企業リスク
• ・2026年9月1日の運用変更と、健康・福祉確保措置で求められる対応
• ・長時間労働を防止するための勤怠管理やPC自動シャットダウンの活用方法

といったリスクも発生します。

そのため、長時間労働対策はコンプライアンス対策であると同時に、企業価値を守るための経営課題でもあります。

従来の監督指導では、「月45時間を超えているか」が重要な確認項目の一つとなっていました。
しかし2026年9月1日以降は、一律に残業45時間超過を指導するのではなく、36協定で定めた健康・福祉確保措置が適切に実施されているかを重点的に確認する運用へと変更されています。

従来と2026年9月1日以降の運用の違いをまとめると、以下のようになります。

この変更は「45時間を超えてもよい」という意味ではありません。
むしろ、36協定で定めた健康・福祉確保措置の実施状況が、これまで以上に重視されるようになったと考えるべきでしょう。

健康・福祉確保措置とは、長時間労働による健康障害を防止するための施策です。厚生労働省では、勤務間インターバルの確保や医師による面接指導、健康診断後のフォロー、メンタルヘルス対策などの実施を例示しており、特別条項付き36協定においても労働者の健康と福祉を確保するための措置が求められています。

参照元：厚生労働省「36協定で定める時間外労働及び休日労働に関する協定届（特別条項）記載例」

具体的には次のような取り組みが含まれます。

• ・勤務間インターバルの確保
• ・長時間労働者への面接指導
• ・健康診断結果への対応
• ・メンタルヘルス対策
• ・十分な休憩・休息時間の確保
• ・有給休暇取得の促進
• ・業務負荷の見直し

重要なのは、「協定書に書いている」だけではなく、「実際に実施し、その記録を残していること」です。

2026年9月1日以降は、この運用実態がこれまで以上に重要になります。

制度変更を受けて、企業は労働時間の管理方法を改めて見直す必要があります。
特に確認したいポイントは以下のとおりです。

36協定の内容を見直す

健康・福祉確保措置の内容が現状の運用に合っているか確認しましょう。

実施記録を残す

面談記録や健康管理の実施状況など、取り組みを証明できる記録を保管しておくことが重要です。

勤怠管理を徹底する

健康・福祉確保措置の内容が現状の運用に合っているか確認しましょう。

管理職への教育を行う

制度を理解するのは労務担当者だけでは不十分です。現場管理職が長時間労働防止に取り組める体制づくりも必要です。

長時間労働を防止する方法の一つとして注目されているのが、PC自動シャットダウン機能です。
設定した時刻になるとPCが自動的に終了するため、サービス残業や不要な居残り業務の抑制につながります。

また、残業が必要な場合には事前申請を必須にすることで、

• ・残業理由の可視化
• ・業務量の把握
• ・管理職による承認
• ・労働時間の透明化

につながります。

長時間労働の抑制や労務管理の適正化に向けて、こうした仕組みづくりの重要性はさらに高まるでしょう。

残業45時間を超えたら違法ですか？

直ちに違法とは限りません。特別条項付き36協定を締結している場合は超過できるケースがあります。

2026年9月1日の変更で45時間ルールは廃止されたのですか？

いいえ。廃止されたわけではありません。健康・福祉確保措置の運用確認が重視されるようになりました。

健康・福祉確保措置には何がありますか？

勤務間インターバル、面接指導、健康診断後のフォローなどが挙げられます。

特別条項付き36協定があれば何時間でも残業できますか？

特別条項付き36協定があっても、年720時間以内、単月100時間未満、複数月平均80時間以内（休日労働を含む）などの上限があります。

残業45時間は毎月超えてはいけないのですか？

原則は月45時間以内です。ただし特別条項付き36協定がある場合は例外があります。

残業45時間は会社ではなく個人ごとに管理されるのですか？

はい。時間外労働の管理は従業員ごとに行われます。同じ部署であっても、個々の労働時間を把握し、上限規制を超えないよう管理する必要があります。

残業45時間は、長時間労働による健康障害を防止するための重要な目安です。
そして2026年9月1日からは、残業時間のみを重視する運用から、36協定で定めた健康・福祉確保措置が適切に実施されているかを重視する運用へと変わりました。

今後は「残業時間を集計するだけの労務管理」ではなく、「従業員の健康を守るための取り組みを継続的に実施できているか」が企業に問われます。勤怠管理の徹底や業務改善、PC自動シャットダウンなどの仕組みを活用しながら、長時間労働を防止できる職場環境づくりを進めることが重要です。

残業45時間ルールや36協定、健康・福祉確保措置について正しく理解し、従業員の健康を守るための仕組みづくりと適切な運用を進めていくことが重要になります。